A chegada do coronavírus ao Brasil levou o CNJ a editar a Recomendação n0 62 para evitar contaminações em massa nos sistemas de privação de liberdade no país. O órgão vem, desde então, atuando em diversas frentes para apoiar tribunais, magistrados e outros atores ligados ao sistema penal e ao sistema socioeducativo a seguirem melhores práticas de segurança sanitária. Com o suporte do programa Justiça Presente, o CNJ oferece orientações técnicas e articulações facilitadas por equipes locais, além monitorar dados para facilitar tomada de decisão com base em evidências.