Уникальность Мадыгена требует бережного управления. Но сохранить её невозможно только усилиями учёных или государства. Для местных жителей природное наследие должно быть не абстрактной научной ценностью, а источником новых возможностей, развития туризма, появления новых профессий, поддержки ремёсел и дополнительного дохода для семей. 

Именно такой подход лежит в основе работы ПРООН, поддерживая инициативы местных сообществ, программа помогает превращать природное наследие не только в объект охраны, но и в ресурс устойчивого развития. В рамках Программы малых грантов ГЭС «Сохранение геоландшафтов — фундаментальной основы комплексного сохранения всех экосистем для устойчивого развития и как потенциала для формирования геопарка ЮНЕСКО в междуречье Исфара — Козу-Баглан» совместно с ОО «Дестинация Баткен» и местными органами самоуправления, Министерством природных ресурсов, экологии и технического надзора, Тянь-Шаньским Геологическим Обществом и Национальной академией наук Кыргызской Республики был проведен ряд мероприятий по формированию потенциального Глобального геопарка ЮНЕСКО. 

За время реализации проекта на территории Мадыгена была проведена инвентаризация природного и геологического наследия. Более 40 жителей прошли обучение в качестве местных гидов. Школьники и студенты участвовали в полевых школах, где геология перестала быть рисунком в учебнике и превратилась в историю, которую можно увидеть и буквально потрогать руками. 

В селе Самаркандек создан визит-центр, оснащённый оборудованием, музейными экспозициями и трёхмерными картами. Сегодня здесь проходят экскурсии, а учителя местной школы проводят занятия по географии и биологии. 

Были установлены: 5 смотровых площадок, 10 информационных щитов, 25 указателей и въездная стела.