Los desafíos que enfrentan estos territorios, y que terminan afectando a población Afro principalmente, coinciden con su bajo desempeño institucional. El 73% de estos municipios se encuentran en un nivel de desempeño medio bajo o bajo, de acuerdo con resultados del Índice de Gobernabilidad Democrática Territorial, IGDT del PNUD en Colombia. El IGDT es una herramienta creada por el PNUD Colombia para medir el ejercicio de la gobernabilidad territorial de los municipios del país.

Los principales aspectos que afectan el ejercicio de la gobernabilidad en estos territorios están relacionados con una baja gestión financiera; en promedio, estos territorios dependen en un 80% de las transferencias del gobierno nacional y sus mecanismos de transparencia de la gestión pública son insuficientes (alcanzan 44 pts de un total de 100) para facilitar la institucionalización de políticas que mejoren las conductas éticas y de buen gobierno.

Por otro lado, las garantías para la participación ciudadana en estas zonas siguen siendo bajas, según analiza el mismo instrumento. En las últimas elecciones locales (2019) el 48% de estos territorios presentó algún nivel de riesgo electoral, de acuerdo con reportes de la Misión de Observación Electoral, y en las pasadas elecciones presidenciales (2022) el riesgo se presentó en el 32% los municipios. Los territorios con riesgo alto electoral recurrente pertenecen a los departamentos de Chocó, Cauca, Nariño y Valle del Cauca.

La eficacia para el cumplimiento de las metas de los ODS en estos municipios (determinada por la provisión de bienes y servicios de salud, educación, servicios públicos y medio ambiente) es medio - bajo (35 puntos de un total de 100). Otro factor que explica este desempeño es la baja generación de valor agregado, ya que en 2020 estos municipios solo aportaron el 2,5% al valor agregado nacional y el municipio que más aportó es Buenaventura con un 0,4%.

Es evidente la desigualdad existente en las coberturas de servicios en los municipios que concentran la población negra, mulata, afrodescendiente y afrocolombiana (población superior al 40%) con respecto al resto de esa población en los municipios que tienen una concentración inferior. Como se observa en la figura 1, la cobertura de acueducto para esta población es menor particularmente en los municipios que hacen parte de los departamentos de Nariño, Chocó, Antioquia, Córdoba y Cauca.